Деятельность Фонда направлена на содействие охране и сохранению озера «Байкал», проведение научных исследований и содействие созданию экологобезопасных технологий.
Для достижения этих целей Фонд осуществляет:
— разработку и проведение согласованной природоохранной, экологеэкономической политики, основанной на экологически приемлемых принципах и мерах устойчивого природопользования и на использовании ресурсосберегающих и экологически безопасных технологий,
— координацию действий всех заинтересованных структур, связанных с экологической деятельностью, в рамках совместно принятых программ экологоориентированного развития байкальского региона;
— подготовку соответствующих предложений юридического, научного, технического и финансового характера для обеспечения устойчивого развития территории озера «Байкал»;
— объединение сил и средств в целях реализации федерального закона «Об охране озера Байкал» и принципов устойчивого развития территории с учетом региональных особенностей и возможностей;
— содействие проведению общественных, независимых экспертиз объектов различного назначения, расположенных в природоохранной зоне озера «Байкал»;
— принимает участие в организации и проведении мероприятий, связанных с ликвидацией негативного воздействия хозяйственной деятельности в природоохранной зоне озера
«Байкал»;
— содействие в развитии социальных программ жителей Байкальской природной территории, создании новых рабочих мест;
— участие в поисковой, исследовательской и мемориальной деятельности, направленной на популяризацию истории и этнографии байкальского региона;
— развитие экологического воспитания и образования, помощь региональным учебным заведениям в создании историко-этнографических, экологических и природоведческих программ;
— поддержку и содействие развитию научных и технических разработок и исследований, совершенствование методов работы, позволяющих обеспечить защиту окружающей среды и устойчивое развитие территорий;
— участвует в разработке стипендиальных программ и грантов в рамках исследовательской и образовательной деятельности по своей тематике;
— содействует созданию региональных центров подготовки кадров в области охраны окружающей среды, развитию экологического воспитания населения, гуманизации отношения человека к среде обитания;
— содействует выявлению, сохранению и популяризации культурных и природных ценностей, восстановлению исторических памятников байкальского и прибайкальского региона;
— регулярный сбор и обмен информацией о состоянии окружающей среды, о возможностях и перспективах совместного использования природных ресурсов с целью совершенствования административных методов принятия решений по экологическим вопросам, подготовка на основе информации соответствующих материалов, прогнозов и предложений, их публикация;
— взаимодействие по решению экологических проблем с территориальными ассоциациями, с другими регионами, международными организациями, государственными органами управления, неправительственными организациями, населением в целях широкого и реального привлечения и активных действий всех заинтересованных структур.